La population scolaire primaire et maternelle de THÔNES se répartit entre 5 écoles publiques :

L'école maternelle du Groupe Thurin, rue du 8 mai 1945, répartie en deux bâtiments : l'espace Jacques Avrillon qui correspond aux premiers locaux de l'école maternelle, et l'espace Léa Fournier qui correspond aux nouveaux locaux inaugurés au mois de septembre 2008.

Le Goupe Thurin, situé à l’angle de la rue des Clefs et de la rue du 8 mai 1945, qui reçoit les élèves du CP au CM2 + les élèves en classe d’intégration scolaire. Il est doté d’une bibliothèque – centre de documentation (B.C.D.), d’une salle d’arts plastiques et d’une salle des maîtres.
Ses locaux abritent le Réseau d’Aides Spécialisées pour les élèves en difficulté, dont bénéficient l’ensemble des écoles maternelles et primaires de Thônes, avec 2 salles.

Le Groupe Thurin dispose sur place d'un restaurant scolaire accessible à tous les enfants des classes primaires et maternelles.

Les hameaux de Glapigny, Thuy et la Vacherie ont chacun leur école, avec 1 classe à Thuy et 2 classes dans les deux autres écoles.
Toutes sont dotées d’un restaurant scolaire en « liaison froide » avec des équipements adaptés pour la conservation et le réchauffage des repas qui sont acheminés par l’A.D.M.R.
Les élèves normalement rattachés à la classe unique de Thuy étant actuellement en surnombre, les plus grands sont transportés au Groupe Thurin. Les effectifs sont en hausse pour les prochaines années mais, d’après les dernières prévisions, pas suffisamment pour espérer l’ouverture d’une deuxième classe. La commune a prévu la construction d’une classe supplémentaire dès que cela s’avérera nécessaire.

Toutes les écoles maternelles et primaires sont équipées en informatique et dotées d’une ligne téléphonique à haut débit (ADSL) leur permettant l’utilisation d’INTERNET, notamment pour leurs relations avec l’Inspection Départementale de l’Education Nationale.